דרכה החינוכית היחודית של ישיבת בני עקיבא לחינוך סביבתי סוסיא יונקת באופן ישיר ומתמיד מתפיסת העולם כי 'כשם שפרצופיהם שונים כך דעותיהם שונות' וכי על כל אדם ואדם לברר את שרש נשמתו ואת תחומי וסגנונות הלמידה והעשייה באמצעותם יצליח להוציא את מירב הכוחות הגנוזים בו.
ישיבת בני עקיבא לחינוך סביבתי סוסיא סוברת כי הפקת הכוחות מן הכח אל הפועל תתבצע במירב ההצלחה מתוך יחס אישי וקרוב בין התלמידים לבין עצמם ובין הצוות החינוכי לתלמידים ולכן מקפידה הישיבה לשמור על כמות תלמידים המאפשרת הכרות משמעותית של 'כולם עם כולם' , כשכל תלמיד זוכה ליחס אישי ביותר מצד מחנכו, מדריכו החברתי, מדריכו הסביבתי וראש הישיבה. כך מתפתחת הזדהות עצומה בין הצוות והתלמידים הבונים ומעצבים יחדיו את 'רוח הישיבה'.
ישיבת בני עקיבא לחינוך סביבתי סוסיא מאמינה כי תהליך חינוכי ופיתוח רוחני יכולים להגיע לשיאם רק מתוך מכנה משותף רחב ועמוק בין כלל התלמידים והצוות החינוכי, ולפיכך מגדירה הישיבה את עצמה כבית אולפנא לתלמידים המקבלים עליהם עול מלכות שמים ועול מצוות החפצים להעמיק ולבסס את אמונתם, ידיעותיהם והליכתם בדרך התורה ומצוותיה. וכמו כן פותחת הישיבה את שעריה אך ורק בפני אותם התלמידים הסקרנים לסביבתם ברבדיה השונים וחפצים להשקיע בידיעת סביבתם משאבים לימודיים ריגשיים וגופניים רבים.
